Synteza DNA i naprawy genów RRM1 i ERCC1 w raku płuc ad

Opisujemy również zastosowanie tej metody do walidacji RRM1 jako markera wyniku klinicznego w dużej kohorcie pacjentów z niedrobnokomórkowym rakiem płuc. Metody
Pacjenci
Pacjenci byli podgrupą wszystkich pacjentów poddanych torakotomii w celu resekcji pierwotnego raka płuca w Centrum Onkologii H. Lee Moffitta i Instytucie Badawczym w latach 1991-2001. Pacjenci kwalifikowali się do włączenia do badania, jeśli mieli gruczolakoraka, rak komórek lub rak wielkokomórkowy; przeszedł całkowitą resekcję guza (resekcja R0); i miał chorobę stadium I przez patologiczną inscenizację. Pacjenci z wcześniejszym rakiem bez zmian byli włączeni, jeśli choroba została uznana za wyleczoną. Kryteriami wyłączającymi był wcześniejszy rak płuca, przedoperacyjna chemioterapia lub radioterapia oraz wszelkie wcześniejsze radioterapie klatki piersiowej. Badania stopniowania musiały obejmować badanie fizykalne i tomografię komputerową klatki piersiowej i górnej części brzucha. Żaden z pacjentów nie przebył tomografii emisyjnej pozytronowej 18F-fluorodeoksyglukozy w ocenie stopnia zaawansowania, a żaden nie otrzymał żadnej formy terapii adiuwantowej. Wystarczające ilości tkanki z pierwotnego guza musiały być dostępne do budowy mikromacierzy tkankowych. Zidentyfikowaliśmy 187 pacjentów, którzy spełnili te kryteria.
Tabela 1. Tabela 1. Charakterystyka 187 pacjentów w populacjach badawczych. Dane uzupełniające dotyczące całkowitego czasu przeżycia, przeżycia wolnego od choroby i miejsca wznowy guza uzyskano w regularnych odstępach czasu. Zalecamy, aby pacjenci zgłaszali wizyty kontrolne co 3 miesiące przez 2 lata, następnie odwiedzali co 6 miesięcy przez 3 lata, a następnie raz w roku. Dalsze wyniki uzyskane od zewnętrznych lekarzy uzyskano za pomocą zwykłych kontaktów pocztowych i telefonicznych. W przypadku danych dotyczących całkowitego przeżycia zarejestrowano czas od rozpoznania do zgonu. Istotny stan pacjentów został zweryfikowany przy użyciu zapisów statystyk życiowych. W celu przeżycia wolnego od choroby rejestrowano czas od resekcji chirurgicznej do nawrotu lub śmierci. Dane dla pacjentów bez nawrotu nowotworu były cenzurowane w czasie ostatniej wizyty kontrolnej. Tabela podsumowuje istotne informacje kliniczne. Badanie zostało zatwierdzone przez instytucyjną komisję rekrutacyjną University of South Florida.
Wykrywanie obecności i kwantyfikacja ekspresji białka
Utworzono mikromacierz tkankowy. Do oceny in situ ekspresji cząsteczek docelowych wykorzystano immunofluorescencję połączoną z zautomatyzowaną analizą ilościową (AQUA). 22 antygeny pobrano przez inkubację tkanki w kuchence mikrofalowej. 233 Optymalne stężenia próbek surowicy odpornościowej i przeciwciał zastosowano do wykrywania RRM1, PTEN, ERCC1 i cytokeratyna. Próbki surowicy odpornościowej na fragmenty RRM1 wytworzono z królików i oczyszczono metodą powinowactwa. Przeciwciała komercyjne zastosowano do analizy ERCC1 (klon Ab-2 8F1, MS-671-R7, wizja laboratoryjna), PTEN (A2B1, sc-7974, Santa Cruz Biotech) i cytokeratyny (antyludzka pancytokeratin AE1 / AE3, M3515, i Z0622, Dako Cytomation). Zostały one zobrazowane za pomocą próbek surowicy z oznaczeniem fluorochromowym. Ostateczne slajdy skanowano za pomocą SpotGrabbera (HistoRx), a dane obrazu analizowano za pomocą AQUA (PM-2000, HistoRx). Końcowe wyniki AQUA wahają się od 0 (brak ekspresji) do 255 (maksymalne wyrażenie) (patrz Dodatek dodatkowy, dostępny wraz z pełnym tekstem tego artykułu na stronie www.nejm.org).
Izolacja RNA i analiza ekspresji genów
Świeżo zamrożone i utrwalone w formalinie, zatopione w parafinie próbki nowotworów otrzymano od 44 pacjentów
[hasła pokrewne: amiodaron, Corsodyl, ambrisentan ]
[hasła pokrewne: cyklofosfamid, agaricus, bramki rozsuwane ]
[patrz też: szpitale rehabilitacyjne nfz, lekarstwo w zębie jak długo, citotrop ]