Synteza DNA i naprawy genów RRM1 i ERCC1 w raku płuc cd

Świeżo zamrożone próbki przetworzono w celu izolacji RNA i ilościowej analizy ekspresji łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkryptazą (RT-PCR) w czasie rzeczywistym dla genów RRM1, PTEN i ERCC1 i dla 18S-rybosomalnego RNA, jak poprzednio. opisany.11,24 Analiza statystyczna
Średnie wartości wyników AQUA z potrójnych odczytów obliczono dla każdego genu i traktowano jako niezależne zmienne ciągłe. Analiza ekspresji genów na podstawie RNA była również traktowana jako niezależna zmienna ciągła. Współczynniki korelacji pomiędzy zmiennymi ekspresji genów i genami obliczono jako zmienne ciągłe według współczynnika korelacji rang Spearmana (rho) i obliczono poziomy istotności dwustronnej. Podjęliśmy decyzję a priori, aby klasyfikować wartości ekspresji genów jako wysokie lub niskie, stosując medianę próbki do analizy przeżycia; klasyfikacja została dokonana przy użyciu szacunków Kaplan-Meier i testu log-rank. Głównym celem było określenie związku między ekspresją RRM1 w guzie i przeżyciem. Drugorzędnymi celami była ocena powiązań między ekspresją RRM1 i ERCC1, między RRM1 i PTEN oraz między poziomami RRM1 dla mRNA i białka. Powiązania między ekspresją genów a dyskretnymi wartościami klinicznymi analizowano za pomocą testu sumy rang Wilcoxona dla zmiennych z dwiema kategoriami i testu Kruskala-Wallisa dla zmiennych z więcej niż dwiema kategoriami. Przeprowadzono analizę regresji Coxa w celu oceny wpływu ekspresji genów, z dostosowaniem do stadium nowotworu, stanu wydajności Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG), płci i palenia.
Wyniki
Ekspresja RRM1 i odpowiadającego mu mRNA
Rysunek 1. Rysunek 1. Immunoblots linii komórkowych raka płuc. RRM1 wizualizowano w linii komórkowej NCI-H23 przy użyciu wyznaczonych próbek surowicy odpornościowej i jedynego dostępnego w handlu przeciwciała, mysiego klonu AD203 (Chemicon). Adsorpcja próbek surowicy odpornościowej z odpowiednim peptydem użytym do ich wytworzenia spowodowała zanikanie pasma RRM1. Brak oznacza blokadę peptydu, 6 oznacza blokadę z peptydem 6, 7 oznacza zablokowanie peptydem 7, a 10 oznacza zablokowanie peptydem 10 (panel A). Wyciągi jądrowe i cytosolowe wytworzono z linii komórkowych H23-Ct i H23-R1 i sondowano przy użyciu R1AS-6, R1AS-10 i komercyjnych przeciwciał ERCC1 i PTEN. Jako marker jądrowy wykorzystano Oct-1, a dehydrogenazą gliceraldehydo-3-fosforanową (GAPDH) jako marker cytoplazmatyczny (Panel B).
Figura 2. Figura 2. Mikroskopia konfokalna ekspresji RRM1, ERCC1 i PTEN w linii komórkowej NCI-H23. Panele A i B pokazują jądra wyznakowane 4 , 6-diamidino-2-fenyloindolem (DAPI, niebieski). RRM1 wizualizowano za pomocą R1AS-6 oznaczonego Alexa 488 (zielony). ERCC1 i PTEN wizualizowano za pomocą dostępnych w handlu przeciwciał oznaczonych Alexa 555 (czerwony). Podczas interfazy RRM1 jest tylko jądrowy, ERCC1 jest w przeważającej mierze jądrowy, a PTEN jest w przeważającej mierze cytoplazmatyczny. Panel C pokazuje znakowanie immunofluorescencyjne o wielotorowości w przypadku histologicznych fragmentów raka płuca utrwalonych formaldehydem i zatopionych w parafinie.
[więcej w: nutrend, Białkomocz, amiodaron ]
[przypisy: probolan, dekstran, hostessy fordanserki ]
[więcej w: pierścień landolta, hydrokortyzon maść, przeglądarka na leczenie uzdrowiskowe ]